Кафедра ботаники, физиологии и биохимии растений (ранее - кафедра ботаники) начала свою самостоятельную деятельность в 1948 году. Первым заведующим с 1948 до 1959 г. была доцент В.В. Муравлянская.

В год образования кафедры институту был передан Ботанический сад и в качестве его отдела Пензенский гербарий, созданный в 1894 г. известным ботаником, профессором И.И. Спрыгиным на основе экспедиций по губернии и другим регионам страны. В 1973 г. гербарий был зарегистрирован в Каталоге Гербариев (Нидерланды). Ботаническому саду и гербарию присвоено имя И.И. Спрыгина. Гербарий включает не менее 200000 гербарных листов видов растений, собранных на территории нашей страны, а также за ее пределами. Куратором гербария в настоящее время является доцент Л.А. Новикова, а сотрудником - биолог Т.М. Чепкасова. В гербарии работают преподаватели и студенты ЕГФ, научные сотрудники из институтов РАН и университетов страны.

С 1948 по 1962 гг. на кафедре работали всего три дипломированных преподавателя - доценты В.В. Муравлянская, Б.П. Сацердотов (ботаник) и А.И. Дорогов (почвовед). С 1959 по 1961 гг. кафедрой руководила доцент Н.Н. Панафутина.

Деятельность кафедры заметно активизировалась, когда её заведующим стала доцент М.А. Каминская (1962-1972 гг.). В эти годы возрос уровень учебно-методической деятельности преподавателей и расширились связи с научными учреждениями; количество дипломированных сотрудников возросло до 6. В течение последующих 10 лет (1973-1983 гг.) кафедру возглавлял доцент А.А. Солянов.

С 1983 г. кафедрой заведовал доктор биологических наук, профессор, академик РАЕН, заслуженный деятель науки РФ, член Научного совета РАН по физиологии растений и фотосинтезу, член редакционного совета журнала «Физиология растений» В.Н. Хрянин (выпускник ЕГФ). С 2012 года заведующим кафедрой является доктор с/х наук Галина Алексеевна Карпова.

Среди выпускников кафедры такие учёные, как доктор биологических наук, профессор, академик ВАСХНИЛ (РАСХН) Б.А. Ягодин, доктор биологических наук, профессор, академик РАЕН, заведующий кафедрой биологии и экологии ПГСХА А.И. Иванов.

До объединения в 2014 г. на кафедре работали 10 преподавателей:    

• профессор Александра Александровна ЧИСТЯКОВА,

• профессор Виктор Николаевич ХРЯНИН,

• профессор Любовь Александровна НОВИКОВА

• доцент Борис Петрович ЗАПЛАТИН,

• доцент Наталья Алексеевна КАГИНА, 

• доцент Наталья Алексеевна ЛЕОНОВА,

• доцент Наталья Григорьевна МАЗЕЙ,

• доцент Сергей Александрович СОЛДАТОВ,   

• доцент Юлия Александровна ВЯЛЬ.